En el desarrollo del ojo, Pax6 aparece en el sulcus óptico en etapas tempranas del desarrollo. Actúa en las placosas ópticas antes de la formación del tubo neuronal. Al formase éste, engloba las placodas y las invierte, de este modo da lugar a la retina invertida. Después de esta invasión, la vesícula óptica entra en contacto con el ectodermo y comienza la formación del ojo bicameral.
Sobre su evolución, los ojos compuestos de insectos no son homólogos a los ojos en cámara de los vertebrados, pero estos genes homólogos de Pax6 son esenciales en la morfogénesis del ojo y evolución.
Para desmostrar la hipótesis de que Pax6 es un gen maestro de control, se realizaron varias mutaciones expresando éste en discos imaginales, diferentes al disco ocular, por medio del sistema GAL-4 para llevar a cabo su expresión. Y es un gen maestro tanto para invertebrados como para vertebrados.
Más tarde para demostrar si Pax6 era de carácter universal como controlador de morfogénesis del ojo, se expresó ectópicamente en 'Drosophilia Pax6' de ratón, introduciéndose la formación de ojos compuestos ectópicos. Sus mecanismos de regulación han permitido evidenciar el carácter conservado de gen regulador Pax6.
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